90-е и 2000-е годы

С распадом СССР существенно снижаются объёмы работ, усложняется порядок финансирования строительства, строительство становится неритмичным. В интересах РВСН на объекте «733» строятся БРК нового поколения «Тополь-М» шахтного базирования по 1-2 БРК в год. Введён в строй комплекс пункта управления СЯС, также в пределах финансирования ведутся работы по объектам СПРН, расположенным в России (дострой), поставлен на боевое дежурство объект «4737» (1-я очередь). Продолжается значительное по объёмам строительство жилья, в первую очередь для размещения военнослужащих выведенных из Германии войск.

В 1990 – 1996 гг. в эксплуатацию ежегодно вводится 500 – 600 тыс м2 общей жилой площади, (7,5 – 10,5 тысяч квартир) и общежития на 1,5 – 2 тыс. мест. В 1997 году введено 911,4 тыс. м2 (14076 квартир) и 4177 мест в общежитиях, в 1999 году – 1,34 млн. м2 (13403 квартир) и общежитий на 2203 мест.

Структура Главка в 90-е годы – в постоянном реформировании. К вновь образовавшимся странам – бывшим республикам СССР – отошли 9 строительных управлений, 17 управлений были расформированы или акционировались в России.

В состав ГУСС в 1995 году вошли строительные управления расформированного ГВСУ МО. В 1997 году в ГУСС вошли организации бывшего ГВСУ Центра: СУ СКВО, 437-е и 450-е СУ, СУ МВО, СУ МО ВВС и ПВО. Все строительные организации и промышленные предприятия ГУСС становятся федеральными государственными унитарными предприятиями, несколько позже часть из них становятся дочерними, а потом и филиалами ФГУП. На 1 января 2001 года в составе ГУСС 11 ГУП и 29 дочерних предприятий, среди которых 11 СУ округов (флотов), 2 УИРа, 6 ВСУ и СУ, 4 ССУ (УСМР), 172 УНР, 16 ХРУ, 7 отдельных батальонов, 36 ВСО, 28 отдельных рот, 1500 участков, 22 КМТС, 34 промпредприятия и 28 автобаз.

В 2005 году по распоряжению Правительства РФ и Министра обороны РФ часть специальных объектов переданы в Федеральное агентство специального строительства, в том числе Центральный полигон на Новой Земле.

В период с 2000 по 2007 годы выполнены работы по шести программам Президента России: восстановление Центрального полигона, модернизация и ремонт систем жизнеобеспечения, социальных и транспортных инфраструктур на острове Новая Земля, обустройство 42-ой мотострелковой (горной) бригады в населенном пункте Ботлих (Республика Дагестан), строительство спортивно-оздоровительного комплекса в поселке Видяево Мурманской области, строительство военного госпиталя в городе Моздок. Выполнены шесть программ правительства России: перевод воинских частей на комплектование военнослужащими по контракту, восстановление экономики и социальной сферы в Чеченской и Ингушской Республиках, строительство здания Правительства Чеченской Республики, обустройство 503-го гвардейского мотострелкового полка в станице Троицкая и 76-ой воздушно-десантной дивизии (ВДД) в Пскове.

В соответствии с Указом Президента России за № 1359, а также согласно приказу Министра обороны от 26 июня 2009 года №576 «Об условиях приватизации ФГУП «Главное управление обустройства войск МО РФ» — ФГУП «ГУОВ МО РФ» приватизировано и преобразовано в ОАО «ГУОВ» с вхождением в состав управляющей компании ОАО «Оборонстрой».